不丹的地势北高南低，全国除南部小范围的杜瓦尔平原外，山地占全国总面积的95%以上，素以山国著称。不丹各地的海拔高度相当悬殊。东南部地区的马纳斯河（the Manas Chhu）海拔高度只有97米，是全国海拔最低的地区；而北部喜马拉雅山脉的大多数山峰海拔高度都在6000~7000米以上，库拉康日山（Kula Kangri）海拔高度达到7554米，是全国海拔的最高点。
不丹的地势高低悬殊，从北至南，逐渐下降。随着气候的垂直变化和受印度洋季风气候影响程度的不同，全国大致可划分分3个主要地形区，即北部高山区、中部河谷区和南部丘陵平原区。
（一）北部高山区
北部高山区亦称大喜马拉雅山区，位于不丹最北面，沿中国西藏边界延伸，高度一般在海拔5000米以上，年降雨量不足500毫米。本区山势高峻，冰峰林立，地形险要，大多数雄伟山脉高达5000多米，并常年处在雪线以上。终年被冰雪覆盖的山峰有马桑甘峰、卓莫拉日峰、瓦吉拉峰、梅拉卡尔春峰、波德拉峰、梅拉拉峰等。著名的卓莫拉峰等超过7000米的四座高峰均位于此，是中国与不丹之间的天然屏障。本区气候严寒，空气稀薄，含氧量少，并有冰川发育。本区除部分高山草甸可供放牧外，大部分地区地表荒漠，几无人烟。
（二）中部河谷区
中部河谷区又称内喜马拉雅山，由喜马拉雅山脉向南延伸的支脉及其间的谷地构成，面积约为不丹总面积的1/2，海拔2000~5000米。本区地形起伏较大，平均比差约1500~2000米，山岭河谷南北纵横，东西交通不便。绵亘于不丹中部的黑山山脉（the Black Mountain），海拔达到4900多米，把不丹从地理上分割为东、西两大部分，构成了不丹东、西部之间的一道天然障碍。
中部河谷区气候温和，降水适中，年平均气温约8℃，年降水量为500~1000毫米。山岭普遍为针叶或针、阔叶混杂的高山温带森林，林下藤蔓植物繁茂。本区多谷地，有不丹著名的廷布河谷（the Thimphu Valley）、帕罗河谷（the Paro Valley）、普那卡河谷（the Punakha Valley）、布姆塘河谷（the Bumtang Valley）、扎西岗河谷（the Trashigang Valley）等著名谷地。这些谷地地形开阔，气候宜人，土地肥沃，特产丰富，人口稠密，是不丹重要的经济区和政治文化中心。
（三）南部丘陵平原区
南部丘陵平原区由喜马拉雅山山麓丘陵地带和杜瓦尔平原组成，海拔2000米以下。喜马拉雅山山麓丘陵地带，又称亚喜马拉雅山区。该地带从杜瓦尔平原徐徐崛起至600米许，然后地势逐渐升高，起伏增大，再以陡峻悬崖升至1500米以上。该地区较大的河流有阿莫河（the Amo Chhu）和马纳斯河等。年降雨量为1200~2000毫米。河谷地带多为交通要冲，是进入不丹腹地的门户。杜瓦尔平原是印度阿萨姆平原的北延部分，南北宽约30~50公里，最低处海拔仅150米，地势平坦开阔。杜瓦尔平原大致可分成南北两部分。偏北部分紧靠丘陵，地形受北方高山山嘴影响，地面堆积着粗砾石、漂石、卵石、粗圆砾石以及沙石等沉积物。溪流河床宽而河堤矮，旱季易断流。偏南部分的地形与南面的阿萨姆——孟加拉平原相似，河流流速较缓，河道固定，土壤肥力中等，草、竹以及娑罗双树林等亚热带植物生长茂盛，并辟有部分农田。南部丘陵平原地区气候湿热多雨，属亚热带气候，年平均气温约14℃，年降水量2000~5000毫米，每年6~9月为雨季，雨季降水集中，常酿成洪灾。区内河流流量较大，河床平坦，但河水浅，不能通航。本区气候宜于动植物生长，山麓丘陵地带植被繁茂，多系热带、亚热带雨林，林中多野生动物。东部的马纳斯河流域。是不丹著名的动物保护区。本区经济作物以粮食生产为主，并盛产柑橘、香蕉、凤梨等热带水果。