在不丹，信教非常普遍，几乎人人信教，户户都供有神龛。不丹的宗教主要有两种，一是佛教，属国教，2000年有信徒54万人，喇嘛5000余人；二是印度教，有信徒约16万多人。此外，还有极少数人信仰不丹原始宗教。由于不丹人普遍信教，所以宗教对不丹人的政治和生活有较大影响，风俗习惯常常带有浓厚的宗教色彩，生活方式极为简单。不丹是个宗教王国，全国人民普通信教，每个村或寨至少有一座寺庙。全国有2000多座古代佛教寺庙和1000多座佛塔，有75%的人信仰佛教和原始宗教，有25%的人信仰印度教。

（一）原始宗教
原始宗教也称苯（Bon）或苯波（Bonpo）教，是我国西藏地区的原始宗教，是一种精灵崇拜同巫术相结合的土著信仰，在佛教传入不丹前十分盛行。它反映了在生产力水平极低的情况下，原始人对自然现象的神秘感。主要表现为万物有灵、图腾崇拜和祖先崇拜等。信仰者把一切自然现象都赋予神灵。天、地、山、川、日、月、星宿、雷、电、森林、动物等都是崇拜的对象。认为在树上、在岩洞中、在山顶上和天空中到处都有精灵在游荡。善良的精灵能为人们降福，邪恶的精灵会给人们带来疾病和灾难。信仰者经常用石头、碎布条、树枝、动物等作为一种简单的贡品祭祀这些精灵鬼怪。在某种情况下，信仰者甚至用人祭的方式向精灵鬼怪乞求免灾降福。这些宗教仪式大都由巫师主持进行。
苯教历史上共出现过3个主要派系，即“笃苯派”、“迦苯派”和“觉苯派”，这3个派系的先后形成与衰落，也就表现了苯教发展的主要过程。
“笃苯”是我国西藏聂赤赞普时期广泛流行的一种最原始的宗教，没有自己的宗教经典，所传授的仅为下镇妖魔、上祀祖神、中与人宅之法，主要活动是占卜吉凶、驱逐鬼神。
“迦苯”是我国西藏止贡赞普时期苯教在融合这一些外地巫教成分的基础上发展形成的教派，已有一套苯教理论和宗教教义，但因没有文字而仅限于口头传承。
“觉苯”则是佛教传入西藏后出现的苯教派系，简言之就是“基本佛教化了的苯教”。其保留了某些原始苯教的内容和仪式，但主要内容却是已在西藏出现的藏传佛教宁玛派的教义和仪式。
 苯教以发展过程中，极力加强和扩充自身势力，从而在协助部落王室统治民众的同时，又与王室展开激烈的权利之争，对部落王室统治地位构成了威胁，造成并日益激化了双方之间的矛盾，为其自身走向衰落提供了条件。尤其是随着社会的发展，逐步进入奴隶社会的部落统治势力的影响，削弱其对王室统治地位的威胁。公元7世纪时佛教一经传入西藏，就受到了王室主要成员的欢迎。而苯教为了自身的生存，虽与佛教展开了长期的斗争，但终因其基本教义无法适应新兴奴隶主阶级的需要而走向衰败。
 
（二）佛教
佛教又称喇嘛教，是不丹的国教。不丹佛教信奉的是西藏喇嘛教的一个支系——即噶举派喇嘛教。
（1）佛教的传入。佛教传入不丹的历史大约可追溯到公元7世纪中叶。公元640年，中国西藏王松赞干布在不丹的中部布姆塘河谷修建了贾姆帕寺院，传播佛教。公元649年，松赞干布又在不丹的西部帕罗河谷修建了基楚寺院。   公元747年，印度佛教圣人莲花生受当地众多部落首领之一的邀请，曾先后两次访问不丹并讲经传教。据称，莲花生是一名那烂陀学院的神学教师，大乘（Mahayana）派的佛教学者，莲花出生。不丹称他为“古鲁·仁波切”（Guru Rimpoche大师、学者），说他是“第二个如来佛”。他首次到不丹讲经后，就去中国西藏讲经传教。他从西藏返回不丹后，视察了不丹帕罗河谷新寺院的修建情况，并在布姆塘成立传教中心，继续在不丹传教，使佛教在不丹得到较快发展。在12世纪末，中国西藏喇嘛教的宁玛派和噶举派传入不丹。公元1616年，中国西藏宁玛派高僧阿旺·杜贡（后称阿旺·纳姆加尔）来到不丹，先后战胜各教派，完全统治了这一地区，成为有名的一世沙布东，即教王。在此基础上，阿旺·纳姆加尔仿照中国藏传佛教管理制度建立了不丹宗教组织机构和教阶等级，以此来管理国家，形成了僧俗双重的神权统治政府，自己成为国王，并获得了政教合一的法王称号。法王（按照宗教规定国王是宗教领袖和统治者）是主巴教派中的统治地位上。后来，又与不丹原始部落宗教相结合，逐渐形成了具有地方特色的不丹喇嘛教。阿旺·纳姆加尔死后，政教间进行了激烈的权力斗争，政教开始分离。1907年，以乌颜·旺楚克为首的世俗阶层占据了统治地位。今天的不丹人主要信奉佛教里的宁玛派和噶举派。由于不丹最早的佛教是从中国西藏传入的，时至今日，不丹人都把中国西藏视为佛教圣地，每年都有不少人到西藏烧香朝觐。
（2）僧官。不丹的僧官分为基堪布、洛笨、中央寺院院长、地方寺院院长等职。
基堪布——基堪布（Je Khenpo）即大方丈，又称法王，其地位仅次于国王，负责管理全国宗教事务，任命僧官，参与讨论国家大事。1917年基堪布圆寂后，基堪布的继承人由寻找转世灵童改由选举产生。选举方式是：将中央寺院4名职务最高的僧官姓名写在纸条上，再将纸条放入圣坛上的一个瓮内。当取出纸条时，纸条上写有“上帝的选择”字样的即为新的基堪布。1952年吉格梅·多尔吉·旺楚克国王废弃了这一方式，改由洛笨升任。即基堪布圆寂后，中央寺院的4个洛笨中官职最高的多尔吉洛笨自然成为基堪布。如果寺院认为因某种原因多尔吉洛笨不适合升任基堪布，则由其他3名洛笨中的一个担任。如再不合适，则改由一名已退职的多尔吉洛笨出任基堪布。基堪布的任期根据新的制度经过协商确定，一般为3年。不丹现任基堪布是第71世纪法王朱尔库·吉格梅（Trulku Jigme）活佛。
洛笨——洛笨（lopen）是仅次于基堪布的高级僧官，如果将基堪布比成宗教王国的国王，那么洛笨的教阶就相当于这个王国的大臣，其主要职责是协助基堪布掌管全国宗教事务。1907年前，洛笨曾掌管国家行政事务。
不丹的洛笨分4类，即多尔吉洛笨、达格布洛笨、杨皮洛笨和参尼洛笨。其中，多尔吉洛笨掌管密宗的学习，兼任中央寺院院长，在基堪布不在时行使职权；达格布洛笨掌管语法学习，杨皮洛笨主管礼拜事宜，参尼洛笨主要从事佛教哲学的研究。
中央寺院院长——中央寺院院长一般由多尔吉洛笨兼任，主要职责是掌管中央寺院的重大活动，也管理各地方寺院的行政和宗教事务。
地方寺院院长——地方寺院院长又称“翁则”，是地方寺院中的高级喇嘛，负责管理本寺院的纪律和宗教活动。“翁则”由基堪布直接任命，其助手称“洛笨古仲”。
（3）僧侣。僧侣是不丹佛教的主体，在数量上也占绝大多数。不丹的僧侣年龄差别较大，既有60岁以上的高龄僧侣，也有20岁以上的中青年僧侣，还有数量不少的少儿僧侣，年龄分别从几岁到十几岁不等。
在僧侣的补充方面，以前，青年人往往想通过宗教途径而成为贵族，或是为了控制人口而被送进寺院。现在，进入寺院的青年人完全是出于自愿，他们往往宗教步入上层社会，以谋得更好的发展前途。自从1961年皇家政府实行现代教育制度以来，人民群众的经济状况和社会地位得到很大改善，特别是执行新的经济发展计划后，国家建设严重缺乏劳动力，所以，吉格梅·多尔吉·旺楚克国王同意中央寺院保留1000名僧人。目前，虽然在不丹的年青人当中有许多人热衷于从政、参军和其他发展项目，但由于不丹人民普遍信教，宗教在人们心目中早已根深蒂固，自愿进入寺院的青、少年仍大有人在。
在僧侣的训练和教育方面，1959年以前，不丹的青年喇嘛一般到中国西藏东部的卓克钦（Drokchhen）寺院接受宗教教育，从60年代初开始，不丹的青年喇嘛改由不丹中央寺院负责训练。
（4）宗教经费。以前，不丹寺院的一切费用主要来源于私人捐赠和政府划给寺院土地的租金，政府无法了解寺院的经费数额和资金的使用情况。为了加强对寺院的经费管理，政府采取了一系列措施。过去，寺院收取地租十分困难，即使收到一些地租，也是那些在市场上难以出售的农产品。根据这一情况，1968年秋，不丹国民议会做出决定，当地寺院的地租改由各宗宗达（相当于县长）根据其管辖权代替寺院进行收取。同时每年拔给中央寺院和8个地方寺院50万努费用，并授权财政部对寺院帐目进行核查。1969年6月15日，国民议会还进一步做出规定，要求各院在进行宗教募捐时，必须事先告知政府并经过政府的批准后才能实施。鉴于不丹的大多数寺院系古老建筑，维修量大，所需资金多。1970年5月31日，不丹国民议会做出决定，各寺院的维修工作改由当地政府（特别是宗和村一级）负责，从而大大减轻了寺院的经济负担，避免了寺院同人民群众之间因提供免费劳动力而产生的冲突。
（5）佛教寺庙。不丹的寺庙多数坐落在山麓突出部位，地势险要而缺水。寺庙建筑一般为土木石结构，墙基通常为块石垒砌，主墙厚约1米，比较坚固。据统计，目前，不丹境内的古代佛教寺庙多达2000余座，此外还有1000多座佛塔。这些寺院和佛塔因年代久远，多数需要维修。为了保护宗教设施，不丹每年均拔出大量经费对寺庙进行修缮。2002年，仅帕罗的贾巴江楚克却林寺（Jaba Jangchuk Choling Lhakhang），不丹就花费了110万努进行维护和修缮。
（6）宗教对社会生活的影响。由于宗教在不丹的统治时间长，特别是在人们的经济、文化和日常生活中影响极深，以至于目前仍在不丹的政治、经济、军事、文化和日常生活中起着重要作用。在政治上，基堪布享有仅次于国王的地位，在各级政权机构中都有宗教代表；在经济上，宗教事务经费开支每年占全国总收入的25%左右，喇嘛占有大量的土地，并且都是肥田沃土；在军事上，每座军营都设有寺庙，新兵入伍前都要举行宗教仪式；在文化和日常生活中，每个宗都有一座扎仓（大寺院），占地面积一般在22英亩左右，有僧人21名以上，主要负责主持宗的普迦节和其他仪式，并管理本宗内的教务。每个村（寨）都有一座寺庙，有僧人5名以上，主要负责本地的教务活动。几乎每户都设有供奉如来佛或莲花生神像的祭坛，富裕人家还专门设有经堂，供家人早、晚和吉祥时节祈祷。在生活中，不丹河中常见装有竹竿的木桶，桶里塞满经文，木桶因水流而不停地转动。喇嘛教徒认为这是在诵经。
（7）不丹现代佛教圣地。
普那卡宗（Punakha Dzong）——亦称普那卡城堡，是不丹最古老的城堡，也是不丹最著名的佛教圣地，位于波河和莫河的汇合处，海拔1463米，由沙布东一世于公元1637年修建，中央塔楼长近183米、宽7米多，高6层，呈长方形。同时，这里还是不丹佛教手稿、神圣的佛教名人名册、规格各异的宗教画和逼真的宗教名人肖像的收藏地。在颜色瑰丽的高塔里，保存着古代不丹沙布东的遗体，遗体以香料防腐。安放遗体的房间，除了国王和某些高级喇嘛外，谁都不能进去。
在古代，普那卡城堡是不丹统治者居住和举行受觐礼的重要场所，现在是基堪布大主教喇嘛（即法王）的冬宫。在每年的10月1日至翌年的4月1日（不丹历），基堪布喇嘛都要率领中央寺院众喇嘛从廷布扎西却城堡夏宫搬迁到普那卡过冬。所以，这个城堡在不丹的民族事务和宗教事务方面都占有显著的位置。
扎西却宗（Tashichho Gzong）——亦称扎西却城堡，靠近廷布谷地中心，海拔2500米，建于13世纪，由不丹宗教之父帕角·杜冈·斯普戈（Phajo Dugon Shipgo）喇嘛所建。1641年，沙布东一世对该城堡进行扩建。此后，由于该寺院原有的大部分建筑物毁于火灾和地震，1961年，吉格梅·多尔吉·旺楚克三世国王进行了重新修建。该城堡为一座四边形石砌建筑物，高7层，每层高度4.5~6米不等，盖以冷杉木缓斜屋顶，衬有木板，其屋檐宽阔。房间外面有一排用美观的柱子支撑的游廊和9米多高的围墙，从墙基到顶部，稍稍向内倾斜，兰墙处有一排阳台，在阳台的下面有些小窗。南面和东面的两个入口可通外面的一段阶石，两扇大门以铁把手加固。在城堡中央是喇嘛首领的正方形建筑物宅邸。左右两边的路都通往铺以平滑石子的大广场和喇嘛房间。
扎西却城堡现在是基堪布喇嘛的夏宫。每年3月30日至9月30日（不丹日），基堪布都要率领中央寺院众喇嘛从普那卡搬回扎西却城堡度夏。